祭孔之前，钦天监早已选定吉日，孔府、孔庙、孔林三孔之地皆被精心洒扫，以迎圣驾。太常寺预备了祭品，祭帛与乐器陈列于孔庙堂上。司设监与锦衣卫在孔庙外设立了御幄。高务实入阁多年，以往多次代表皇帝祭孔，不过当时既然是代表皇帝，便是主祭人，这次却换了个身份，做了主赞人。
到了地方，皇帝如前一般身着澜衫，百官却都身着官服或赐服，先行至孔庙门外，分列东西，迎驾并序立等候。衍圣公孔尚贤及曲阜县令孔胤植等率地方官员及士绅，更是早早来到庙门外，东北面跪迎圣驾。
皇帝朱翊钧着澜衫，腰系革带，头戴方巾，不以九五之尊，而以士人之姿乘御辇独走道中。驾至，衍圣公及曲阜县令率众跪迎，皇帝降辇，步入御幄稍作休息。礼部官员奏请皇帝沐浴，准备行礼。其余官员各换祭服。
随后，太常寺官员导引皇帝出御幄，步入孔庙，行至盥洗处，再次洗净双手，以示纯洁之心。在典仪的唱和下，皇帝步入孔庙正殿，随行的国子监祭酒、司业及学官诸生已在庙门外左侧跪迎。皇帝至庙门，祭酒率众学官起立，引导皇帝升御座。鸿胪寺官员赞排班，百官及诸生行五拜叩头礼。
礼毕，祭酒、司业及学官诸生分别就位，准备讲经。祭酒从东阶升堂，北向而立，执事官举经案进于御座前。礼部尚书于慎行奏请皇帝授经于讲官，祭酒跪受，置于讲案上，然后至堂中北向而立。
内赞官员引导皇帝与众官员进入讲堂，祭酒开始讲授儒家经典。讲毕，皇帝与众官员一同聆听，祭酒讲完，将经书放回原处，叩头退出。
重点时刻到来，皇帝亲自至孔子神位前，这是典礼的重中之重。皇帝朱翊钧步至孔子像前，亲手搢圭，主赞官高务实跪进帛，乐声渐起。皇帝立受帛，献毕后，授高务实奠于神位前。
随后，进爵乐起，皇帝立受爵，献毕同样授高务实奠于神位前。乐声止，皇帝出圭，分奠官以次诣神位前奠爵，讫各以次退原拜位。
赞礼官员唱出送神之词，乐声再起，皇帝鞠躬拜兴，拜兴平身。通赞分奠陪祀行礼，同赞礼毕。主赞官高务实导引皇帝由中道出，分奠陪祀官各退，易祭服。皇帝入御幄更衣，礼部尚书于慎行奏请皇帝幸孔林，以示对孔子及其家族之尊重。
总之，整个祭孔典礼从准备到结束，无不体现出对至圣先师孔子的崇敬之情，以及皇帝与朝廷对儒家的尊重与推崇。特别是皇帝身着士人服饰亲自拜祭孔子的环节，更是凸显了皇帝作为读书人的属性，以及对嘉靖大礼议之后皇帝不拜孔子传统的巧妙融合与尊重。而首辅高务实作为皇帝身边最重要的配合官员出现，既彰显了皇帝对儒家文化的重视，也彰显了高务实在朝中的影响力。
正经的祭孔大典至此已经结束，所谓皇帝「幸孔林」，其实就是参观瞻仰一下，大抵不会再有多少重要事务了。
然而意外的是，众人退出孔庙之外重新集结之后，皇帝忽然派陈矩传话，说要宣读一道疏文，然后皇帝会当众宣布圣意。
这事就很奇怪了，疏文是臣子写给皇帝的奏章，通常只有皇帝重点回复过的疏文才会原文附上并下发相关衙门及地方，而走的也是通政司及邸报路子，却不闻当众宣读之例。
如今居然有一道疏文值得皇帝大张旗鼓，在祭孔大典之后当众宣读，然后再当众传下圣意，这真是太罕见了，究竟是什么事，又是什么人上的这道奏疏呢？
众官下意识将目光投向高务实。看来，所有人都觉得只有高元辅才有这样大的面子了。然而他们很快发现，高务实也一脸茫然——只不过他是朝皇帝望着的。
啊？难道高元辅也不知道是什么事？嗯……难不成是皇上要册封国公，而这件事没有提前通知元辅？
不过，他们也不必多想了，因为陈矩已经开始宣读那篇疏文，而且因为疏文的格式问题，只一开口众官就知道自己猜错了。
「礼部左侍郎方从哲疏言学校六事：