南京皇宫修缮案本质上就是高务实借一次工程弊案进行政治格局调整，目的就是借着皇帝此前搞出的孔庙事件余威彻底压制心学派，在朝堂上形成实学主政的大势，进而为最后的改革铺平道路。
在外人看来，高务实这么做无非是要独揽朝政。这话虽然没错，但对得也不多。独揽朝政只是手段，并不是目的。他要的是继续改革，而且不是具体的某一项改革——包括科举改革。
任何一项具体的改革都不能算高务实的最终目的，他的根本目的大到这个时代的人根本看不出来，也根本想象不到，甚至就算高务实当面告诉他们，他们也未必能够理解。
他要干什么？他要改变此前中国历朝历代“统治只是为了统治”的死循环，换成“统治是为了社会发展”的无限延伸。
后人常说，封建王朝唯一关心的事就是如何延续统治，历朝历代都会为此总结前朝教训，但往往陷入类似的治乱循环。比如秦亡于严，于是汉亡于宽；唐亡于藩镇，于是宋亡于兵弱……
虽然总的来看，随着时间发展，政治制度确实有些许进步，但根本目的既然错了，终归逃不出这个窠臼。当一个王朝的最高目标就是延续统治，它就难免会害怕任何变化，甚至在遭遇某些时候会选择复古——比如朱元璋的诸子分封制。
然而在高务实看来，这是没有出路的。他本经是《周易》，读《周易》读出来的核心观点其实就一句话：世界永远在变化，所以人要不断改变自己来适应世界的变化。
不过，道理好懂，事情难办。你怎么观察世界的变化？世界变了什么、变了多少，你要如何改变自身、改变多少，去适应这种变化？
高务实当然也想了很多，最终的观点是：以上问题都很难，那不如让“我”成为最大的变化。我最先变，所以别人都得随我而变。
换在朝廷治政来说，就是我自己不断改革、不断发展，那我就是最大的变化之力，世界各国都只能跟着我的变化来适应我。
这个道理就好比是英国工业革命了，生产力开始碾压世界各国，于是各国也只能纷纷跟进，开始争夺“变化权”，进而推动世界发展越来越快。
不过在高务实看来，英国其实是非常“德不配位”的。这个国家在道德上大缺大德，在实力上国小民寡，其实不足以形成巩固的世界格局。它靠着工业革命的伟力和广大殖民地的血泪维持了两百年霸权(不是四百年)，但最终还是会走到穷途末路，泯然众国之中。
真正要形成稳定的世界体系，其核心国家必然需要三个前提：广土，巨族，同心。
说人话就是：资源丰富，人口众多，举国同欲。
且不说后世如何，高务实环顾当今世界，能有这个基础的国家其实只有大明。后世所谓世界三大宝地：北美、欧洲、东亚，先不说那是如何逐步形成的，就说此刻——欧洲，分裂惯了，没有统一的可能；美洲，殖民者刚到，发展刚刚起步，人口极其稀少。
反观大明，完全是农业时代的巅峰，粮食平均亩产是欧洲的三倍以上，人口是整个欧洲的四倍。[注：都是西方学界大的主流观点，即十七世纪初欧洲总人口约为6100万，而此时的明朝后期总人口为“超过两亿”；欧洲粮食亩产40-80斤(单位已换算)，明朝粮食亩产200-250斤。]
在这种条件下，且高务实的前期改革基本已经顺利完成，他开始琢磨如何“处中国而治万邦”，这有什么问题吗？
在他看来，只要朝廷改变思路，开始将发展当做延续统治的正确道路，不断推动社会生产力的进步，那么大明就是那个真正的“天选之国”，而且没有“之一”。
数日之后，随着调查的深入，越来越多的涉案官员被揭露出来。这些官员大多属于心学派，他们在南京皇宫修缮案中或主动参与、或被动涉及，但无一例外都存在不同程度的问题。
经过仔细的审查和讨论，朝廷最终决定对这些涉案官员进行分类处理，以儆效尤。处理方案大致分为四个档次：
降调西域：对于涉及程度较深，但尚有可用之处的官员，将其降职调往西域，参与当地的建设和管理。这些人虽然犯了错误，但考虑到他们的能力和对朝廷的贡献，给予改过自新的机会。
冠带闲住：对于涉及程度一般，但已不适合继续担任原职的官员，剥夺其官职，保留其荣誉性的“冠带”，令其回家闲住。这些人虽然犯了错误，但错误性质不算严重，给予其反省和退隐的机会。
革职为民：对于涉及程度较重，已无继续为官甚至保留名誉必要的官员，直接革去其官职，贬为平民。这些人已经明显犯了错误，而且错误性质较重，造成了一定的危害，朝廷不再保留其官员身份。