皇帝躬祭整体上分为三个部分，即：发京、致祭和回銮，但在此之前要做好准备工作。
首先皇帝决定祭陵，先通知礼部，让礼部选择陵祭的具体日期及上呈仪注详情，然后再交由皇帝决定何日祭祀。发京之日皇帝免朝，皇帝的车驾由长安左门出发，后妃辇轿由东安门出——这是指在北京时，不过南京也有相应城门，这倒不是问题。
致祭：清明行春祭礼，皇帝在内赞官引导下完成跪拜礼。回銮：祭拜完成，陪祀的官员先行趋赴感思殿门外候驾。当天皇上的车驾便出发回京，免朝。
若皇帝不能亲自祭陵，则往往遣太子、亲王、勋贵、重臣代祭，以表思念之情。代祭人员的地位必然尊贵，比如高务实在京时也曾多次奉旨去万寿山代祭皇陵。这个好理解，不多说。
由于本次拜谒孝陵乃是朱翊钧的政治大秀，是「拜天拜地拜祖宗」的最后一环，所以只能是躬祭，也就是皇帝亲自祭陵。而如今时间已经很紧迫了，内阁和礼部必须尽快拿出详细方案交给皇帝「过审」，所以高务实、沈一贯连同于慎行、方从哲、申用懋五人连夜召开「内阁扩大会议」，商议祭陵安排。(赵志皋、周咏两位阁老留京处置日常庶务。)
不过话虽如此，沈一贯来南京毕竟不是吃干饭的，虽然皇帝究竟何时抵达不是他能控制，但先期准备工作，尤其是物资准备工作还是已经提前做好了，他今天开会的主要任务之一就是找高务实报账批款。
刚才说过，陵祭的常规祭祀时间一年有三大祭五小祭，皇帝有时还会亲谒陵，因此一岁陵祭礼举办次数较多，不少相关物品都是常备的，南京这边也是一样，所以这准备物资的活儿看起来不难。
问题是此次陵祭的规模过于宏大，参与人员过于众多，那么相应的所需物资自然也就极大增加。况且本次祭陵有重大政治意义，排场要尽可能张扬，花费就必然更多了。
这些费用既包括祭祀物品的开支，也包括祭祀时相关出行人员的开支，出行时一行人的衣食住行都需要不少的花费；除此之外皇帝为表恩赐，也常常赏赐相关随行人员、护卫官军、乃至恩赏周围百姓，减免税收等；另外此次对孝陵的额外维护修补，本身也是一笔不小的费用。
按例，这些费用大多是由户部支出，也有很小一部分是地方所出。这里特别要说明一点，祭陵费用包括皇帝的赏赐，都是户部出钱，内帑通常是不出的。
究竟有哪些具体开支呢？高务实打开了沈一贯呈上来的那一摞条陈。
首先映入眼帘的事祭祀物品的开支。根据沈一贯所列，陵祭时最主要的祭祀物品，如供祭拜时使用的各种牲品、香烛等就写满了好几页纸。
这类物品主要是由太常寺负责，祭祀前两日要送到香帛亭之中。高务实大户部改革之后，太常寺的开销同样需要找户部来支取，且必须接受户部审核，而今夜的「内阁扩大会议」扩大范围有限，只包括他和沈一贯两位阁臣及礼部三位堂上官，太常寺卿并不在其内，所以太常寺的条陈也由沈一贯转呈。
高务实快速浏览了一遍，发现这些祭祀物品是由很多个衙门分别备办的，比如说香、烛、帛等物原本在北京时是从内府领取的，但南京虽有皇宫却没有真正意义上的内府，因此这一次是由南京镇守太监负责办理，现在上报开支请户部支给；
香油、纸笔等物照例是从所在县
衙征用备办，南京倒是更好办，孝陵卫自行负责，不过孝陵卫一直很少承接如此规模的用度，因此也提出了八百多两银子的支出报请；
祭祀时所用的牲品按例是从周边各府县坐办，本次一共涉及到了应天府、镇江府、扬州府、太平府、常州府、宁国府、苏州府。
还有一部分其他物品就由太常寺直接招商采买了——如祭祀的素服多是由杭州织造，祭祀物品中的瓷器则大多是由江西烧造的，但这些不是常例上贡，都是要额外花钱的。
这其中有些物品如皇室专用瓷器之类，皇室有自己专门的规格，并不能以普通的价钱来购买，因为几乎都是特制，所以总的来说就是种类多、数量多、规格独特……合起来一句话：价格高。