在那一战过后，碇真嗣对NERV总部出现了明显抗拒心理。
还有本来和父亲碇源堂因为上次一同去祭拜母亲坟墓，而有所缓和的关系，如今也立刻急转直下。
然而观众们这次却都表示，相当理解碇真嗣的行为——
“司令是真的……太不当人了，虽然我理解他是为了减少不必要的损失，但是不至于这么逼碇真嗣吧？”
“这就相当于我爹在我面前逼迫我打我的朋友，最后因为我不愿意，他在我看着的情况下打得我朋友重伤了。”
“我是忍不住……真的，虽然能理解一些，但是真的没必要做得那么绝。”
“究竟谁是反派啊？这碇源堂不妥妥的反派行为？”
“经典正反派不分环节，不过这么下去，碇源堂说不定最后还真成了真正的大反派。”
“青山老贼作品中难得一见的父慈子孝环节。”
“谁说难得一见，电次的爸和电次不就是父慈子孝咯（）”
“碇源堂真的有些受不了了，作为主角的爹，要是主角是害死了他母亲的凶手，我都能理解一下。但是现在明显不是这样……”
“有没有一种可能，碇源堂纯粹是谢特！”
“有可能……”
……
总之，在这件事情之后，碇真嗣对碇源堂失望了，在交谈一番后，还是选择了离开了NERV总部。
然而没过多久，新的使徒出现，继续向NERV总部所在的地下城攻击。
这次来袭的……是第十四使徒——力天使。
它的手臂是锋利并且伸缩自如的带状物质，由它所射出的光线，穿透18层装甲只需一击。
所以在面对力天使的时候，明日香驾驶的二号机直接撕裂掉了二号机的左右手臂。
明日香却还是不服输，然后就算失去了双手手臂，一样……悍不畏死一般冲向了力天使。
“可恶的家伙！！！”
“明日香！”
在NERV总部的美里神色慌张了起来。
然后她当机立断！
“切断所有神经连接！快！”
然而下一刻，还不知道是否切断了神经连接，就见到……
二号机的脑袋立刻飞了起来！
二号机……被断头了！
而且还不知道神经连接是否断开了，要是没有断开……
那明日香也会感觉到了断头的痛苦！
这样巨大的痛苦，严重点甚至可能引发休克和脑死亡！
然后原本在避难所的碇真嗣就看到了……
已经断了双臂和脑袋的二号机砸破了他所在的第六避难所！
“放弃第六避难所，将所有避难者转移到第三避难所！”
广播里的指挥人员立刻指示道。
但是幸运的是，明日香还活着。
所幸断开神经连接及时，她并没有受到致命伤。
但她也是很懊恼，对自己无法击败使徒很是无力。
然后NERV总部想要使用上次成功操纵了初号机的傀儡系统，继续操纵初号机出战。
然而……
“脉冲消失！傀儡插入栓被拒绝！”
“不行！EVA初号机无法启动！”
仿佛初号机就只认碇真嗣了一样，上次傀儡系统能生效还是因为初号机里的驾驶员是碇真嗣。
可这不由得让人好奇，为什么初号机就是只认碇真嗣这一位驾驶员呢？
但是力天使的来袭，让碇源堂这边没有办法，他甚至亲自过去命令再度测试傀儡系统。
然后绫波丽则是驾驶零号机去抵抗力天使。
但是她同样不是力天使的对手，依旧是惨败。
而碇真嗣这边看着破坏着城市的力天使，看着和力天使交战的绫波丽和零号机。
他这个时候遇到了加持良治。
最后在加持良治的劝说下，他决定重返NERV总部，驾驶初号机迎战！
然而在他驾驶初号机迎战，却还是不敌！
甚至电量也再次消耗完了。
初号机再次失去了行动能力，就在原地不断遭受力天使的攻击。
机体外表也逐渐损毁，甚至碇真嗣所在的插入栓也肉眼可见地瘪了起来，眼看他就要被打爆，有生命危险了。
然而碇真嗣此时顾着的却还是……
“动啊！动啊！动啊！”
他不断地使徒操纵初号机，着急地大喊着，“动啊！动啊！动啊！动啊！”