“……人类就这样迎来了这个最大的考验。”
“15年前的那一天，从宇宙飞来的巨大陨石撞落到南极……”
“冰封的大陆在一瞬间就被熔解，海平面上升，地轴倾斜……”
“威胁到生物生存的异常气候在全世界肆虐……”
“就这样数千种生物物种和半数的人类永远地消失了……”
“这就是众所周知的……”
“第二次冲击！”
“经济崩溃、民族纠纷、内战……”
“劫后余生的人类经历了可怕的噩梦……”
……
陨石撞击南极，而按照碇源堂他们飞船正在地球下方，岂不那个血色旋涡就是南极？
第二次冲击竟然造成了这么壮观的画面，这不由得让观众们震惊了。
“但是期待看到这种惨状的人大有人在。”
碇源堂却说道，“因为这是个人类无法进入，原罪的污秽也都被净化了的世界。”
“我更期待一个被人所污染的混沌世界。”
冬月却这么回应道。
“混沌不过是人的想法，整个世界都是井然有序的。”
“是人心在扰乱世界吧。”
……
然后就又回到了碇真嗣那边。
他们正在一片红色海洋上建造的基地上，碇真嗣正和加持良治聊天。
而在碇真嗣眼中，很难想象在他出生之前，这里的海洋是蓝色的。
在这片红色的海洋中，还充满了海洋生物腐烂的血腥味。
同时，加持良治也跟碇真嗣说起了美里的过去。
“真的很想让美里姐也来这里，那样就更好了。”
碇真嗣有些开心地说道。
“她不会来的。”
然而加持良治如此说道，“因为会勾起以前的回忆。”
“什么回忆？”
“第二次冲击……”
加持良治叼着烟，缓缓睁开眼睛，说道。
然后在他回忆中，第二次冲击的过程缓缓展现。
在那黑色的陨石冲击地球南极的瞬间，地球南极上空出现了明显的冲击波痕迹。
然后在画面中，却突然出现了四个奇怪的身影，完全由光组成，还头上顶着一个光圈，只是身上除了眼睛部位以外还各有都有一个奇怪的空洞。
以及……接着又出现了三把叉子一样的长枪交汇在一起的画面。
然后就是似乎是美里年少时候的女孩，在那场灾难中被家人保护着存活了下来。
然而她的父亲却是最后死了。
这就是……美里的过去，在第二次冲击中亲眼目睹自己的父亲在灾难中牺牲。
碇真嗣知道了这一切后，顿时很是为美里感到难过。
接着，等他们回去，碇真嗣又得知了一件事……
那就是明日香同样入学了他和绫波丽所在的学校。
她也立刻以强势却很玩得开的性格，以及她那过人的长相，成为了学校所有人都为之热议的风云人物。
另外，在NERV总部，明日香因为也是EVA驾驶员，因此她和碇真嗣一起训练。
二人因此在训练之中有了不少接触，碇真嗣被明日香刺激得也是有些针锋相对了。
然而就在这时，使徒再度出现了！
这次是第七使徒，一个酷似海星的巨大使徒。
二人立刻驾驶着初号机和二号机，通过运输机前往对付第七使徒。
明日香一开始还觉得二打一有些不公平。
但面对命令，她还是选择和碇真嗣一起合作，然后在碇真嗣的掩护下，一击劈开了第七使徒。
正当大家都以为第七使徒就这么轻松地被解决时。
却是没想到接着被二号机劈开成两半的第七使徒，竟然……真的就此一分为二，再生成两个个体。
然后……
他们就被击败了。
在作战会议室里。
美里、加持良治、碇真嗣和明日香听着战后总结。
“今天上午10点58分15秒，目标一分为二。”
“初号机受到目标甲的冲击，沉没于河湾外2公里海域处。”
画面给到了初号机以头栽葱的方式沉在了海里的情况，只有那双腿朝天露出水面。
“58分20秒，二号机因为目标乙的攻击而停止运作。”