我们认为《五帝本纪》基本上保留历史事件梗概和基本过程和结果，只是将对黄帝和华夏族“不雅顺”的内容和言论进行掩盖和修改，以此满足汉朝统治者的文化价值需求。
在地理方面，刘家是中原华夏族后裔，汉朝建都长安，主要统治中原地区、秦川地区、四川地区和长江以南地区，汉朝立国初期中原地区、秦川地区等黄河流域地区是华夏族传统地盘，江淮地区和长江以南地区、四川地区等地区一直是百越等民族的居住地。为了汉朝为了顺利征服和统治中国南方地区，汉朝史官肯定要将华夏文明的起源地放在北方，营造一种“北尊南卑”地理文化观念，在编写《史记》时，司马迁肯定要满足汉朝廷这个原则性文化需求，因此司马迁发挥文人机智，将很多涉及华夏族重大历史事件的地点改成北方地名，实在不好改的地点只能进行含糊化处理。
在社会方面，西汉是中国历史上第一个将儒家思想确立为国家正统思想和道德规范的朝代，儒家思想是一套建立在父系氏族宗法制度基础上的社会治理体系和道德规范。而西汉之前有秦朝、战国、周朝、商朝和夏朝等历史时期，在这些历史时期里，王朝和民间都存在母系氏族制度与父系氏族制度并存和混杂的状况，因此，在财产归属、宗族伦理、贵贱次序、道德教化等社会管理方面非常混乱，如养男宠在母系氏族社会是正常现象，合理合法。但是养男宠在父系社会却是杀头大罪；养女宠在父系氏族社会里很正常，但是在母系氏族社会里养女宠者要被乱石砸死！因此，在西汉朝廷坚决反对和打击母系氏族社会残留下来的制度、习俗和思想，西汉朝廷称这些母系氏族社会残留东西为“蛮夷狡夏”，夷、夏都是古代对女性的称呼。因此，司马迁在《史记》中尽可能不论述母系氏族社会内容，尽可能采用父系氏族社会的世界观和价值观去创作文章。
在道德方面，在古代社会公认和朝廷认可的道德精神和规范就是法律，道德是判断事物对错，司法审判、定罪和量刑的标准，因此道德非常重要。西汉是中国第一个推行父系氏族社会的国家，因此建立父系氏族社会的道德体系和规范，清除母系氏族社会的道德体系和规范是朝廷文化建设主要任务。同时，由于西汉朝廷将儒家思想作为全社会的正统思想，因此一些与儒家思想相抵触、矛盾和冲突的思想和言论都必须清除。儒家思想重要内容是伦理、忠孝、仁义、和善、平等等价值观和道德规范，但是西汉之前朝代和社会并没有这些价值观和道德规范，奴役、压迫、残害、盗窃、抢劫、奸淫、狡诈、杀伐、灭族等罪恶的事情，在西汉之前的朝代和社会里被视为正常之事，甚至这些丑恶行为被社会普遍认识是有能力、智慧、勇气和权势的象征。
因此，司马迁之所以不敢将黄帝的事迹和思想完全表达出来，肯定汉朝统治者认为黄帝及华夏族崛起上位的历史事实，有损华夏族的声誉；有损西汉社会的民族融合及团结；不利于西汉社会价值观、道德体系和规范的建设。但是，司马迁在《史记》上留下的历史线索，足够让我们还原当时黄帝及华夏族经历的历史事实。一下是我们本着客观、科学、中立和公正的态度还原的华夏历史。
在距今4300年前，当小冰河期使东亚大陆北方变得越来越寒冷和干旱时，由于北方居民大量南迁逃难，今陕北神木市高家堡镇石峁村的石峁王城（经过科学研究，我们认为石峁王城是华夏族最早的部落总部基地）开始变得一片荒凉，华夏族年幼的公孙轩辕跟随父王少典及母后等，他们将跟随最后一批南迁的华夏族朝廷官员、卫队和军队，告别华夏族石峁王城，踏上南征四川的艰难之路。
此后，幼小的轩辕跟随父王少典及华夏族勇士们在四川地区避难、拼搏、创建伟业。
根据《世纪》记载，轩辕从小天资神灵聪明，思想敏锐，能言善辩。长成后，轩辕应该继承王位成为华夏族的首领，他当政时，正赶上古蜀国的统治者及阶层神农氏集团衰败，古国各地群雄并起、战事频繁、民不聊生的动荡年代（这是由于从北方及高原地区进入四川盆地的难民，与当地人民和官府争夺生活物资及自然资源而引发的冲突和战争）。
为了本族的生存及发展，轩辕训练和整顿本族军队，去征讨那些不向朝廷纳贡称臣的部族，轩辕及华夏族的征讨行动得到古蜀国诸侯贵族们的响应、支持和归附。在这次征讨战争中，轩辕遇到了强劲的对手蚩尤，蚩尤生性暴虐凶猛。在古越语中，蚩chi是黄牛和牛车，尤you是具有自由身份的男人，直译的意思是“乘坐牛车的男帅”，在母系氏族社会里，能够乘坐牛车出行的只有贵族首领和使官，因此这个解释与现代人对蚩尤形象的描述一致，蚩尤是一个牛头人身的战神，当然，蚩尤chiyou连读能读成瑶、姚、犹you/jew（这是犹太人的中英文简称）。
在平定叛乱的过程中，轩辕的另一个强劲对手是炎帝。当时炎帝准备要要从湖北宜昌（古称夷陵）侵略蜀地，讨伐蜀地的诸侯贵族，于是诸侯贵族都归顺具有军事实力的轩辕。于是轩辕组织强大军队，与炎帝在“板泉之野”决战，经过三次战役后，轩辕与炎帝打成平手，最终握手言和，到达了维护轩辕在蜀地的统治地位，同时华夏族承认炎帝在湖北地区统治权。
随后，蚩尤作乱，不服从“帝”的命令和管制，于是轩辕受命于帝，征招诸侯联军讨伐蚩尤。轩辕诸侯联军与蚩尤集团军在“涿鹿之野”决战，蚩尤集团军被消灭，蚩尤被擒获，剥皮示众，残忍杀害。
此后，诸侯开始称呼轩辕为“天子”，拥护轩辕取代神农氏称帝即黄帝。轩辕称帝后，天下有不顺从的反叛者，黄帝带兵去征讨他们。平定完这里，又去那里平定。因此黄帝只能“披山通道，未尝宁居”。
最后，黄帝统治疆土东到大海；西到“空桐”；南到江水；北到“荤粥”。国土稳定之后，黄帝和华夏族过着迁徙不定、居无定所的流浪生活，黄帝设立营卫和朝廷管理国家。
黄帝固定行宫在“轩辕之丘”，他娶了西陵之女“嫘祖”为正妃，嫘祖生了两个儿子，一个是玄嚣即青阳，长成后他居住在江水之滨；另一个是昌意，长成后他居住在若水之滨。昌意娶蜀山氏之女昌仆为正妃，昌仆生高阳。