由于河深水急，加之姚德在河道中设置的障碍十分厚重，故霹雳军费了不少功夫才将金堂城边的水道疏通。当黄大根带着大军抵达了云顶城水军码头，距顿珠入城已过去了足足两日，此时攻城的蒙军早已撤退。忽都率领着千余名骑兵前往了成都方向，他手下的蒙古骑兵在此战中未有折损，但下马作战的蒙古汉军损失了几百人。夹谷龙古代则率军退往下游的简州城，他已接到了刘黑马的命令，要求务必守住简州城。
虽然天色已是黄昏，但一向小心谨慎的黄大根仍命令全军连夜入城。第二日，当杨邦宪提出乘胜追击的建议之时，黄大根不加思索地否决了，他的决定也得到了教导旅长曾勇的支持。曾勇曾在利州蒙军汪德臣部做了多年的校尉，深知蒙军狡诈多端，常使诈败示弱之计引诱对手追击，然后利用机动力优势拖累拖疲敌人，再进行伏击。虽然退往简州的夹谷龙古代也是步兵，但仍有兵力千余人左右，在困兽犹斗之下仍然一时难以解决。一旦被忽都抓住战机，突然杀回马枪，与夹谷龙古代来个前后夹击，战局便会急转直下。黄大根率领的教导旅和特种旅都是轻装部队，虽能正面抗击骑兵的冲击，但伤亡必然惨重。
按照军政联席会议的战略，此次战役目的是拿下整个川西平原，夺得成都和云顶城才是重中之中。作为作战计划制定者的黄大根当然知道孰轻孰重，当下他便命令加固云顶城的城防，又派教导旅和特种旅各一个营前去夺取周边的堡寨。“孤城难守”，余玠建立川中八柱之时，也为各个核心山城配套建设了外围堡垒据点，云顶山城也不例外。姚世安守云顶城时又增建了不少外围堡寨，形成了完整的防御体系。蒙军攻强守弱，也重攻轻守，并未发挥云顶城防御体系的作用，故能让霹雳军偷袭得手。夹谷龙古代逃往简州时，也将云顶城周边堡寨据点的新附军大部分带走，剩下老弱残兵在攻势之下要么怆惶逃走，要么跪地请降，霹雳军并没有费多少力气便将这些堡寨全部收复。
此次云顶城之战，特种旅第一营损失极为严重，全营五百人，当下尚有战斗力的只有二百三十人，这其中绝大部分还是顿珠所率的那二百人。董虎所率的三百人在此战中基本伤亡殆尽，其中战死九十余人，轻重伤一百六十余人，只有四十余人仍有战斗力，连后来补充的五十名俘虏也伤亡了三十余人。拿下云顶城后，黄大根即命运输船只返回灌口寨，一方面是将伤员、俘虏和战死的同袍运回，另一方面也是再运来急需的要塞炮、弹药、粮食、医疗物资及兵工技术人员和生产设备。
按照欧阳轩的规划，云顶城将成为霹雳军在川西最重要的要塞城市，并与彭山城、嘉定城一起成为防御蒙军进犯川西的核心。要达到这个目标，除了强化云顶城的防御体系，建立水军以控制沱江上游外，还将在云顶城建设兵工厂。只要有充足的粮食和火器，只需五百军队便可让蒙军知难而退。云顶城山顶面积广大，鼎盛时期曾驻扎了八千军队，根本不缺建设兵工厂的地方。更重要的是云顶城水运颇为方便，不仅可以从灌口寨方向获得铁、煤、木材等重要物资，也可以从上游的彭州、汉州、绵州获得原材料和粮食，后面这几州大部也是膏肥之地，也是霹雳军将要出兵的方向。