张宣率军抵达台南港之前，孙胜夫便率军撤退到了内陆十里处。这个距离既远超战船火炮的射程，又不致于过份接近丛林。霹雳军虽然在台南带开辟了大量的农田，但相对广阔的丛林来说仍然是小部分。蛮荒的密林不管对流求军民和海匪来说，充满了太多不可知的危险——疫病、猛兽、山洪，还有神出鬼没的食人生番。
孙胜夫命令手下修筑营垒，又砍伐树木立起了栅栏，开挖了壕沟。眼下已是五月初，流求的雨水变得极为充沛。挖壕沟主要目的是防洪排水，防止疫病的流行。雨水之下土墙极易被淋垮，这也是立栅栏而不是筑土墙的原因。围攻台南堡的海匪几经折损又几经补充，现在仍有四千人五十余门铜炮，粮食也能支撑一段时间。孙胜夫期望蒲寿庚能重新夺回澎湖，重新获得制海权。即便不能夺占流求，至少能将他和尤永贤两部救出来。
张宣率领了二百名士兵前往台南堡，这些士兵属于第二分舰队陆战营。该陆战营共有五百人，有三百人正驻守澎湖。之前泉州府在澎湖设立有巡检司，驻扎有厢军一百余人。海匪将澎湖作为辎重基地之后，将巡检司的厢军全部杀了灭口。余柱已经决定要将澎湖作为流求的前哨，为此将在澎湖的各个关键地点兴建数个定居点和一个大型堡垒。
李杆子眼见张宣率军前来，自然是十分高兴，急急地冲到堡垒门口迎接。他的热情让张宣差点晕倒——实在是太臭了。台南堡面积仄窄，又入驻超过其一倍的士兵，加之用水不足，生活条件自然好不了那里去。在这围城的三个月时间里，守军都没有洗过澡。当下李杆子身上的味道，集腥醃酸的大成且十分浓烈，这让张宣全身咸腥味的糙汉子都受不了。
这种情况也不是李杆子愿意出现的，千余人的吃喝拉撒都在狭小空间，垃圾废物也扔在堡垒周围。在高温烘烤和雨水浸润之下，出现这种情况十分自然。李杆子眼见张宣作干呕状，突然醒悟过来，急令搬来大量的甘蔗酒。张宣足足灌了半葫芦酒，才勉强压下了心中的翻滚。陆战营水兵也有样学样，纷纷痛饮起甘蔗酒起来。
由于技术原因，流求公司榨糖后的甘蔗渣仍有不少糖分，如果丢了十分可惜。欧阳轩得知情况后，便写信建议将用来酿酒。流求粮食并不富余，自然也缺乏酒精这种重要的物资。余柱命人按欧阳轩的办法进行了生产，果然大获成功。这种酒不仅便宜，产量也极大，颇受军民欢迎。台南堡中便库存了大量的甘蔗酒，这也是在围城期间十分恶劣环境，却没有发生疫病的重要原因。
鉴于台南堡卫生状况十分恶劣，李杆子组织了人手进行了彻底的清洁，将积存的垃圾焚烧一空。张宣则派人用船将堡中的伤员运往台北，那里有更好的医治条件。陆战营的水兵接管了台南堡防务后，李杆子带着人到海边痛痛快快洗个了干净。眼下第二分舰队除了小部分战船在澎湖之外，大部分的火炮战船都进驻了台南堡。有这些战船的保护，根本不再怕海匪趁机来袭。
就在台南堡的守军在酣畅洗澡之际，台中的海匪也在集体淋浴——被迫的。一场瓢泊大雨不期之至，将夏大根驻守屯垦点的土墙冲塌了不少。幸得豪雨让道路变得泥泞，也灌满了壕沟，使得海匪无法趁机进攻。屯垦点在大雨之下都如此，防排水更差的海匪营地更糟糕，人员、物资和帐篷都泡在水中。雨水退后，营地内更是一片泥浆，人员几无立锥之地。