欧阳轩用一句话概括了当下霹雳军的状态，即政治上蛰伏，军事上积极防御，经济上蓬勃发展。在将士们在前线与隔河对峙期间，霹雳军后方也没有闲着。彭州和嘉定府的第一期工矿业的建设已接近尾声，分别新开了数十家煤、铁、石灰石、硫、火硝、铅等矿。九峰山的铜矿产能已经恢复，符文镇附近的山中也开采出了第一批铜矿，只是产量不多。随着矿山的大规模开采，配套建设的硫酸厂、冶炼厂、铸造厂等一大批工厂也陆续投产了，最为重要的彭州和嘉定兵工厂也开始试生产了。
虽然工农业生产事务繁多，但欧阳轩并没有在政务方面投入太多精力，一方面是以李爽为首的政务团队十分敬业，并不需要他过多操心，另一方面也是因为有一大批试验在等着他。欧阳轩虽然对科研方向和路径进行了指引，但涉及具细节需要反复试验和求证，杨辉负责研究院后，他将来会省不少心，但眼下还不能放手。一则杨辉的视野和理念还需要提升，他和欧阳轩这种受过现代科学训练的人毕竟还是有差距，另一方面也是其所擅长面其实较窄，“术业有专攻”，他对数学和理工技术擅长，但对于化学、医学等方面的知识便欠缺了。化学是欧阳轩的强项，医学他也有涉及。当然在临床医学方面欧阳轩是个门外汉，他所知晓都是预防医学知识。
在霹雳军与蒙军对峙期间，欧阳轩除了处理军务，还要抽一部分时间指导科学院的化学试验，其余精力都投到了卫生防疫，以致于回家的时间都很少。当然回到家中也没有人，杨嫣虽然已怀孕五个月，但仍然拖着大肚子在处理南洋公司的事务。南洋公司总部已搬到成都后，虽然有冉忠在那边负责，但杨嫣仍需十天半月去一趟，以处理重要事务，她和欧阳轩仍然聚少离多。这情形看得小舅子杨邦宪常常叹气道说，研究院的化学试验室、医学院及参谋部的会议室才是姐夫的家，而河心岛上的家只是客馆而已。
眼下医学院已在欧阳轩的指导下，在实验室培育出了青霉素，但是离大规模生产仍有较长距离。一方面是缺乏工业化生产的条件，别说提纯技术不成熟，就连规模培养菌种的设备也无法达标，另一方面则是生产工艺流程和成本的问题，当下生产出来的价格甚至远远超黄金。欧阳轩明白技术的进步和迭代需要时间，更需要工业基础的完善，急也急不得。从古自今，对经济和社会破坏最大的是瘟疫，也就是欧阳轩所说的传染病。实际上，战争直接杀伤人口与随之而来的饥荒和瘟疫相比，只是九牛一毛。当下霹雳军已经解决了饥饿问题，下一步重点便是传染病的控制和预防了。
欧阳轩和唐顺将传染病防治的重点放在“天花、霍乱、鼠疫”这三种最烈的疫病之上。排在这三种疾病之前的便是疟疾，只不过被欧阳轩用黄花蒿提取的汁液治住了。这三种病专播性极强、死亡率高，常常给一个地区带来灭顶之灾。蒙古人西征带到欧洲“黑死病”，前后几次爆发使几千万人死亡，差点将欧洲文明摧毁，这黑死病便是鼠疫。天花也是如此，人人畏之如虎避之不及，印第安文明便毁于西班牙殖民者带去的天花、流感等疾病。霍乱虽然不如前两种瘟疫凶险，致死率也稍低，但爆发的频次密传播途径也多，其上吐下泻常污染水源。对付传染病最有效方法是预防而不是治疗，实际上这三种传染病并没有特效药。故在防治瘟疫研讨会上欧阳轩提出了三个防治途径：消灭传染源、切断传播途径、对症治疗。