霹雳军最基层的单位是屯垦点，再往上则是乡与县。按照新的制度，各县除了设县长外，另有兵、刑、户、礼、工、吏六科，分别负责武备军事、司法刑狱、财税商贸、教育卫生、工矿业和官吏管理。乡大多设在大的屯垦点，除了乡长外，只设兵、户、礼、工四名吏员。屯垦点仍然按照以前的设置，屯长仍由民众推选产生，但须符合新的标准。鉴于未来很长的一段时间霹雳军都将处于战事状态，故新的制度明确规定，屯长、乡长必须有从军经历并识字。选拔县、乡的吏员，除了考核对应专业知识外，有从军经历的也优先录用。
第四项是军制问题。当下霹雳军实行常备军和基干民兵相结合。联席会议认为耕战一体模式在常备军与基干民兵中，应有适度区别。曾勇等人借鉴唐时府兵制和宋军普遍采用的募兵制，提出了常备军职业化和基干民兵府兵化的方案，并提议控制民兵数量，获得了通过。当下霹雳军常备军四个旅加上参谋部直属的部队只有五千五百人，但参加训练的民兵却有五万人之多，这其中不乏弱冠少年和白发苍苍老者。
按照新的军制，当下常备军数量不变，武器装备仍由军需部门统一提供。常备军士兵专司训练和作战，非特殊情况不再从事生产活动，其分配的土地由所在村屯代为耕种，并核减家人的劳役。按照曾勇的建议，基干民兵数量控制在二万左右，仍然采用耕战一体模式，核减本人承担劳役，所需衣服粮食和冷兵器武器自行购买，平日训练所需火器和战时所需则由军需部门统一提供。
新的军制看似士兵比民众吃亏，实在不然。霹雳军治下的民众虽然不纳粮，但仍需要在农闲承担大量的劳役，如自带粮食和工具修路、修沟、修筑堡垒等劳役，也是十分繁重。只不过这些劳役，相比蒙古人的残杀掠夺和其他州府官员敲骨吸髓的压榨，实在不值一提。欧阳轩等霹雳军高层也不愿增加民众的负担，只不过当下的生产力水平下，唯有如此才能维持运转和对抗凶残的蒙古人。
新的军制命令一出，常备军士兵倒是情绪稳定，在民兵队伍中反倒引起一片慌乱。原因无它，想留在基干民兵中的人太多了。按照霹雳军制度，即便成不为常备士兵，成为基干民兵也是好处多多，在政治上意味着有了做官的资格，在经济上意味着可以减免劳役，也意味着可以通过战功获得永业田。本着从战斗力和军事需求出发，此次基干民兵的编制倒有一半分给了工矿业和沿河一带屯垦点，其余地方分配的名额实在不多。以致其余屯垦点纷纷要求增加编制名额，这让负责此事的余柱焦头烂额，手忙脚乱了好长一段时间。 </div>
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