由于这种出身，“罗马教会”和君士坦丁堡的正教教会没有什么渊源。
那时候，在正教教会看来，他们这可能都超出异端了。张牧首整理教义，实际上起到了正规化的效果，反而让“罗马教会”的理念更接近正教一些。最起码，把一些更离谱的、“大汗就是天兄的转世化身”之类的说法压下去了。真论起来，君堡教会还得谢谢人家呢……
当然，即使如此，正教方面也就是发发牢骚，没有做什么。
东罗马的教会和罗马教廷不同，受皇帝和朝廷约束很大。虽然他们也颇具势力，拥有不少地产和忠实信徒，有时甚至能号召民众闹事，给皇帝施压，但这些终究都要依赖于各路政治势力，借助他们之间的博弈才行施展。正教教会本身，是没有罗马教廷那么大的独立行动能力的。
之前有段时间倒还好，因为一些大贵族和皇帝不和，大家经常需要拉拢教会，让他们有了一些讨价还价的能力。
但很可惜，到紫帐刚刚兴起的这会儿，东罗马已经没有多少拿得出手的、真正有家底的大贵族，教会自己的产业也很小了。
——因为奥斯曼的频繁进攻，大贵族们要么破产，要么投敌。简而言之就是快被奥斯曼削藩削完了。
君堡教会当时甚至没工夫进行正式的谴责——那会儿希腊官家们正在内斗，教会势力也深度卷入了其中，大家忙着内讧，也没心思管他们。
等紫帐汗国入主君士坦丁堡之后，“罗马教会”也不认为自己是重归正教会，或者两个教会合并。他们认为自己是来“接管”希腊教会的。
这倒不是因为他们排斥正教教会，当时“罗马教会”还是把自己归入正教的。但信仰归信仰，组织归组织，这是两回事。
“罗马教会”是紫帐汗国的官方组织，郭盖整顿汗廷官职，设立省、部之后，就始终是礼部直属，大牧首一般也挂个侍郎乃至尚书的职务。
而且，这并不是虚职。因为紫帐汗国文教水平不如中原，所以郭盖和张牧首等人一直在有意识地借助教会，进行教化和管理工作。比如现在，罗马尼亚地区各个农庄的“文职百户”，编制上就是教会派出的，要负责相当多的文书和教育之类的职责。
在他们之上，直到行省的牧首，都是官府的一部分，考核和升迁由吏部决定，监察则由中书省众长吏之一的邮驿尚书负责。
吏部那边用的是唐朝的老制度，而邮驿官员负责监察，既是汉代就有的习惯，也是东罗马自己摸索出来的经验。连邮驿尚书这个职位，都是罗马官职直接搬过来的。
虽然和紫帐其他官制一样，处处都是杂糅，但在这边很好用，一直延续到现在。连希腊人自己，真到掌管国家大事的时候，也觉得还是这套更好用。“罗马教会”的州府司祭巡察、神父坐堂定时轮换之类的制度，还是希腊太后引入的。
在这种情况下，罗马教会认为，自己就是官府。而君士坦丁堡的希腊教会，性质上就不一样了。
从君士坦丁大帝接纳了这个教会开始，虽然朝廷一直对他们进行管理，但教会始终还是延续着自己的组织，只不过受到朝廷的重用，替朝廷打打下手，从来没有真正被收编过。