“停下！你在做什么！”赤木律子的声音在通讯频道中响起。
“我在做什么？你先问问司令在做什么吧。”碇真嗣驾驶的初号机绽放出了极其危险的气息，那是种无形的威压，是生命层次上带来的压制，在这种压制面前，身为人类的大多数人，在与初号机连接在一起的碇真嗣面前，都像是蚂蚁一般脆弱，此时宛若是遇到了天敌一般，许多人连原本的工作都忘记了，僵硬在原地一动不动。
“你问问他，为什么在我还有战斗能力的时候要启动傀儡系统？问问他傀儡系统中，为什么插入了一段额外代码，让初号机狂暴化，为什么这段额外代码里，还有摧毁插入栓的内容。
这是一场谋杀，而我需要一个说法，要么，将这场谋杀的幕后凶手交出来，绳之以法，要么，取消全球所有的傀儡系统，将所有傀儡系统永久封存。”
初号机还在朝着总部的方向走去，一时间总部之中一片沉默，有人觉得这只是小孩子在胡闹，但有人却已经开始了认真的思考。
“我忘记了，赤木律子小姐一直都是和我父亲保持着密切的联系的，所以发生在我身上的这些事情，赤木律子小姐其实早就是清楚的吧。
那么现在我要讨个说法了，不用尝试拖延时间，关于北美基地的研究我已经看过了，拥有了S2机关之后，我的机体就可以像使徒一样拥有无限能源，一直工作，只要我想，不要说是这里。总部，全世界所有nerv总部，我都能去拜访一遍，现在告诉我，你们要怎么选择。”
不同于原本历史线上，碇真嗣在遭受到傀儡系统的背叛之后，像是闹脾气的小孩子一样，疯狂的破坏金字塔，这次的碇真嗣没有对总部做出任何破坏，但带给人的压迫感却比每一次都要更加恐怖。
“胡闹够了没有？不要管他，增加lcl液体的浓度，强行收回初号机！”碇源堂虽然感觉情况已经朝着失控的方向发展，但还是极为强硬，对于初号机他已经做了不知道多少的手脚，就算没有这些，也有绝对的对驾驶员的强制措施。碇真嗣也听到了这个命令，同时感觉到，驾驶舱中的液体开始出现了变化，他的呼吸开始变得困难起来，这种状况如果持续下去的话，就算是他现在的状态特殊，大概只需要几分钟时间就会彻底晕过去，如果不是解开基因锁的状态的话，或许几秒钟时间内就会晕过去。
“讲道理讲不通就和我讲物理？”碇真嗣站定在了原地，然后再出号机的体表一层金色的光膜浮现出来，刚好将初号机全部笼罩，随后初号机内部的变化就停止了下来。
“你们应该比我更加理解什么是at力场，什么叫做绝对领域？在这种领域之中，我可以拒绝外来的一切，可以拒绝动能打击，自然也可以拒绝你们传递来的电磁波。
只要我不同意，你们对插入栓内部的一切操作都没有意义，不信你们可以试试，试试强制弹出，试试切断连接，甚至你们可以试试。我座椅
对于这些设置，你们真的以为我完全不知道吗？将人类的终极兵器交给个人来操控，特别是这个人，还是个未成年的孩子，怎么想都知道，你们肯定会在插入栓上，增加众多的限制。
而我一直以来也都知道这一切，既然如此，你们就应该明白，在没有把握破解这一切之前，我是不会用初号机来威胁你们的。”
初号机还在继续前进，距离大金字塔已经只剩下几百米，那高大的身躯甚至直接在大金字塔的窗口就能够看到，那种末日来袭一般的压迫感，那种终极boss苏醒的压迫感，简直让总部之中的人窒息。
“反击，让零号机出击，强制收回初号机。”碇源堂依旧保持着自己的强硬，这也是他执行自己的计划所必须的。
然而他的命令很快得到了回应，零号机的驾驶员拒绝驾驶，并且零号机的傀儡系统无法对零号机进行操控。
更让碇源堂始料未及的是……
总部金字塔的最下方，最终教条区，随着电梯门在密钥的辅助下打开，绫波丽穿着作战服，独自走了进去，而她面对的，是被钉在十字架之上，体型巨大的莉莉丝。
随着凌波丽来到巨型人体旁边，灵魂中的某种力量似乎开始了与眼前的庞然大物共鸣，虽然是衰弱的被封印的状态，但本体足有四阶高级的力量即便只是泄露出一点，也对凡人世界有着无比强大的影响力。