虽然不明白为什么自己抱住碇真嗣，他喊的却是妈，但还是更加用力的把他抱了出来，接下来的事情已经不需要她来处理了，直升机降落在了两人身旁，医护人员飞快冲了下来。将驾驶员抬上担架。
在直升机上检查结果就已经出来，那是让所有人都心头一沉的结果，碇真嗣浑身的基因几乎崩溃，高能粒子穿透了初号机的身体。直接打在了他的身上，他就好像是在中子弹的核辐射之中，被彻底洗礼了一遍一般，浑身的DNA都已经被打碎成了湖，甚至于因为一些不明的原因，少数还没有被打碎的DNA，也扭曲纠缠在一起。
按理来说他这个状态早已经是个死人了，总部的成员根本没有办法想象他究竟是怎么活下来的。
医护人员立刻给他注射肾上腺素，并且用尽可能的手段来维持他生命的延续，众多医生手忙脚乱，一时间也不知道该如何下手，还是葛城美里反应比较快提醒道：「快去冷库取出真嗣储存在那边的血液还有干细胞，现在给他注入，趁着他的大脑还没有死亡。身体还有本能，他还可以用这些没有被毁坏的细胞对自己的身体进行修复。」
这时手忙脚乱的医生才想起来，实在是之前从来没遇到过这种情况。浑身上下只要有十分之一的细胞基因崩溃，那这个人基本上就是死了。
而眼前的存在，全身的细胞几乎全都基因崩溃了，按理来说，这样一个死人根本没有抢救的必要，但他现在确确实实的还活着，这让他们一时间也不知道该如何去抢救。
冷库之中的血液和干细胞很快被注入碇真嗣的体内，随后医生们化验的过程中就发现，这些刚刚注入到他体内的细胞也开始了基因崩溃，不过区别在于这些细胞基因崩溃之后，那些碎裂的基因片段又重新排列。通过分子生物学技术进行分析，其中有大量的未表达的基因片段，大量的人类基因组中未知的序列，在这个过程中表达了出来，重新完成了排列组合后的细胞似乎变得更加强大，但看上去依旧无法挽回整个身体走向崩溃的结局。
就在这时，蓝诺在现场提出了自己的建议：「你们可以尝试把他送进插入栓，送回初号机里面，你们或许无法感受到，但在我的感应之中，正是一股微弱的at力场，维持着他的生命，没有崩溃。
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懵逼的看着，在这一层光膜的笼罩之下，原本已经陷入昏迷的初号机驾驶员手指竟然动了动，而距离他比较近的人则能够听到，来自他口中的呢喃：「妈……」
毫无疑问，这时候出手的正是初号机之中，碇真嗣母亲的灵魂，蓝诺同样有办法缓解碇真嗣反噬的症状，但他现在的身份如果展现出了一些不合常理的力量，总还是会引发怀疑的，而眼前的这种是最简单也最不会引起怀疑的方法。
碇真嗣如同是从噩梦之中惊觉一般，某人之间从病床之上坐了起来，眼角还有泪水流淌下来，他觉得自己刚刚好像做了一个梦，梦到母亲又一次离开了自己，而醒来的时候，就发现自己躺在病床之上，面前正是浸泡在鲜红色液体中的初号机，而他刚好与初号机那渗人的双目对视。
碇源堂自始至终没有出面来看看自己孩子的状况，此时也不过是站在指挥大厅的高台上，居高临下的看着初号机和初号机旁边的病床，而他的脸色则并不是很好看。
蓝诺朝上面瞄了一眼，大概能够猜到这位碇司令心情为什么不好，估摸着他去找初号机谈心的时候，里面老婆的灵魂，**都不**他一下，而他儿子稍微出了点事儿，初号机就殷勤的不得了，甚至连at力场都主动隔空释放出来了，可没听说过EVA能够在没有驾驶员的情况下使用at力场的。
这么明显的偏心，显然是让这位老婆控司令吃醋了，至少蓝诺是这么猜测的。
如今的碇源堂，已经戴上了手套，名义上说是因为他之前在抢救绫波丽的时候，手心被烫伤了。但实际上他的手套则是为了遮挡移植在他手掌中心的亚当胚胎。
不过似乎是因为计划的顺利推进，碇源堂和碇真嗣之间的关系略微缓和了一些，在这次战斗的损失清点完毕后，两人乘坐直升机来到了一片布满了金属桩的荒原。