年幼的碇真嗣虽然在基地之中生活，但却并没有目睹这一幕，只是他的直觉已经强到了一定程度，本能的预感到今天会有不好的事情发生，凭借自己的记忆，很快就找到了实验室所在的位置，然后就看到他的父亲脸上露出了前所未有阴沉的表情，那眼神不论是看向任何人，都会带来恐惧。
碇真嗣平静的看着那双眼睛，同时也从中读出了许多东西，他的母亲在实验的意外之中永远的消失了，原着中碇真嗣根本不清楚自己的母亲是如何消失的，很可能就是因为这时受到的冲击太大，导致了记忆失去。
但这次碇真嗣对每一个细节都记得一清二楚，在他的父亲将他赶出去之前，就已经飞快扫了一遍实验室中所有的屏幕，并且将实验室中所有人的对话清晰的听在耳朵中记下来。
而此时他已经是双眼一片茫然的状态，母亲的消失父亲的异样表现对他的刺激终于让他第一次解开了基因锁。
解开基因锁之后获得的不只是战斗本能，人的记忆力，理解能力，学习能力，都将提高到一个常人难以企及的地步，在这种状态下，人类会全方位的变成超人，几乎没有任何弱项。
而这状态也不只能用来战斗，同样可以用来记忆，碇真嗣记住了这房间中的一切，包括屏幕上的每一个图像。桌面上的每一个文件，上面的每一个字符。
即便他现在还不认识所有字，还无法理解这一切，但却已经将这一切牢牢的记在了脑子之中，当他能够读懂这些东西，并且理解他们的时候，他就能够从回忆之中将细节翻找出来，搞清楚今天究竟发生了什么？
“出去！”严厉的呵斥声响在他的耳边，碇真嗣最后朝着实验室的窗口看了一眼，那里停放着一台紫色的巨大机体，身高远远超出常人的超级巨人，他看到了巨人也看到了巨人后颈位置的插入栓，努力的记住了每一个细节之后，碇真嗣才转头离开。
心中不好的预感，让他迫切的想要了解自己之前所看到的一切，但很快他了解这一切的机会就消失了，碇源堂可不会有心思照顾孩子，碇真嗣也不适合独自待在这样一个机密区域，于是他被送出了第三新东京，被送到了一所寄宿制学校之中，在这所学校之中进行学习同时也受到监视和保护。
虽然离开了第三新东京市地下的特殊研究机构，但碇真嗣依旧牢牢的记住了那一天看到的一切：“父亲一定有什么事情瞒着我，母亲究竟去了哪里？那天究竟发生了什么？我要将这一切都搞清楚。”
而下定了决心，又解开了基因锁的强者，行动力是非常夸张的，寄宿制学校的班主任惊愕的发现，新来的转学生竟然是一个超级勤奋好学的家伙，只是小学二年级，就把整个小学全部的课程用了一周时间打包全都学完了。
而这也意味着碇真嗣基本掌握了读写能力，记忆中那些文件上面写的内容他已经可以看懂，可惜他能看到的都只有文件中的第一页，只能大致看出来，正在进行的是一场同步测试实验，参与实验的分别是他的母亲和名为初号机的巨大机体。
除此之外，他能够理解的还有一部分关于初号机的情报，那是人类为了对抗某种巨型生物而打造出来的巨型战争兵器，需要有驾驶员进行操控才可以参与到战斗之中，而驾驶员对这种巨型兵器的操控效率，很大程度的就取决于同步率。
小学课程中的内容大概也只够他看懂这些，那设备上复杂的图表，众多不断变化着的参数都不是他现在的学识能够解释的。
于是碇真嗣开始搜集更多的书籍，分析那些图表之中图桉所代表的意义。
而很快他就认出了里面一个相当具有标志性的图桉，那就是DNA的双螺旋结构，测试同步率的显示器上，就有这样的图桉标志。
“不对劲，那台巨大的机甲好像并不是机械体，不然的话，为什么要用这样的标志？”
碇真嗣开始了查询实验室之中其他的标志，然后惊讶地发现其中除了一些基础的物理符号之外，竟然还有许多神学方面的标志性图桉和文字。
“难道说神话是真实存在的？初号机和神话有什么关系？”这部分的理论是最难搞懂的，碇真嗣暂时将这些只能猜测的东西搁置在一边，而是尽可能的理解实验室之中其他设备上的图像代表的意义。
而这就需要相当高深的知识了，即便是这个时代的大学之中，想要找到全部的相关知识恐怕也并不容易，好在虽然被送到了寄宿制学院，但因为碇源堂的关系，碇真嗣想要借阅各种书籍并没有什么困难，老师和同学只是惊讶于班级里竟然多出了这样一个超级天才。