这个时候，最佳的高速发展黄金时期已经过去，因为势力的迅猛发展，已经开始引起了统治者的警惕和猜忌。
16世纪后半期，天筑教在东瀛发展势头迅猛。
几十位大名改宗信教，吉利支丹信众发展到数十万，不但遍及九州和本州南部，而且逐渐扩张到本州中部和东北。
织田信长和丰臣秀吉先后对吉利支丹的发展采取宽容态度。
1583年，秀吉甚至亲自在大坂划出一块土地给耶稣会，供建造教堂。秀吉和几位耶稣会上层教士之间，也有不错的私人关系。
但几乎在一夜之间，丰臣秀吉忽然变脸。
1587年7月23日，刚刚统一九州的丰臣秀吉来到博多地方，在一艘葡萄牙商船上，再次会见了耶稣会日本教区负责人科埃略神父（Gaspar Coelho）。
宾主相谈甚欢。
然而，半夜时分，神父忽然被秀吉的使者叫醒，遭到了严厉的质问，内容包括：为什么要强迫东瀛人改宗？为什么要拆掉和破坏佛教和神道寺院？为什么以马、牛这样有益的牲畜为食？为什么葡萄牙人要把日本人卖到海外为奴？
这些问题都是无稽之谈。纯属子虚乌有，所以也没法解释明白。也许这就是东瀛式的欲加之罪何患无辞。
翌日，秀吉就下达了著名的《伴天连追放令》宣布天筑教则为邪教，命所有传教士在20天内离境。
1596年10月秀吉下令在京都和大坂逮捕了26名教士和信徒。并在1597年2月，以违背禁教令为名，将他们在吉利支丹大本营——长崎公开处死。
这就是“长崎二十六人殉教事件”，从这时候开始，拉开了东瀛官方大规模清洗、迫害天筑教的序幕。
秀吉去世后，德川家康在1614年决心禁教，各地加快搜捕传教士和教徒，制造多起迫害事件。
1620年，第二代幕府德川将军秀忠时期发生了朱印船事件。1622年，船主平山常陈和传教士被幕府处以火刑，所有的船员全部被斩首。一个月后，又有55名传教士和教徒被逮捕，随后在长崎处死，史称“元和大殉教”。
这次事件后，桃子已经敏锐的察觉了政治风向的变化，幕府对吉利支丹彻底动手只是时间问题了，但是此时她已经泥足深陷无法脱身了。
她才加入一年多，就陷入了很大的麻烦之中，她的先夫的地位并不能保护她。小西行长藩主的外孙，在罗马获得神父职务，都在后来被处死，桃子已经明白，如果想自救就必须依靠强大的势力，或者自己手里掌握强大的实力。
为了自保，她经过深思熟虑，把目光投向了被遗忘的底层百姓。
在接下来的六年里，她大力在底层传教，她的特殊身份，提供了很大的便利，信徒从几个人增长到一万多人。
加上他们的家属总数有七八万人之多。
秘密传播，单线联系，深入基层。成了桃子的主要策略并获得了成功。
一个庞大的秘密派别，需要巨额的资金才能维持运转。而长崎是这个年代东亚海外贸易的中心。她把目光盯上了海上贸易。
有了人，她就会自然而然的希望自己拥有先进的武器，从而武装起来。
只有火器才能让她安心睡眠。于是她来到了大明在西方传教士的引荐下见到了徐光启兄弟。
最终，她来到了遵化，促成了和杨凡的第一笔军火大单，三万只九连发火门枪的出售。
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